Các cầu đặc biệtđược xây dựng tại những nơi có khoảng cách trụ lớn hơn 35 m, Những cầu đặc biệt này được thiết kế dạng đối xứng 3 nhịp để vượt qua các sông, rạch và các giao lộ. Tổng cộng có 5 cầu đặc biệt với chiều dài 1,129m
- Cầu Văn Thánh dài 150m (ngang qua công viên Văn Thánh)

- Cầu Sài Gòn dài 267.5m chạy ngang qua sông Sài Gòn song song với cầu Sài Gòn hiện nay cách khoảng 40m.

- Cầu Rạch chiếc dài 231m (ngang qua sông Rach Chiec)

- Cầu vượt xa lộ Hà Nội dài 250m (vượt ngang Xa lộ Hà Nội chuyển hướng đoàn tàu sang phía Bắc xa lộ Hà Nội để về khu Depot)

- Cầu Điện Biên Phủ có dạng cầu dây văng tại vị trí cửa ngõ trung tâm thành phố, chiều dài cầu 230m.
